這些降兵前面說過，其中一部分人就地整編，留下成了大中軍留守兵馬，負責保護運河一線的安全，保護大批北上的船隊的安全，隨着他們越來越朝北行進，他們的補給線也越拉越長，等他五月中旬抵達天津衛外的時候，整條大運河補給線已經綿延出了數千裡之多，不當家不知柴米貴，支持這麼多兵馬的軍事行動，每天消耗掉的物資都是天文數字，而這些物資除了山西、河南部分走旱路向北運送之外，其中絕大部分都要走水路北運，每天從揚州發出的漕船，幾乎都有幾百條之多，才能保障前面的軍隊衣食無憂。
這樣大規模的運輸補給，即便是讓後世的人想想都會覺得有點頭大，更何況在這個交通基本靠走，通訊基本靠吼，治安基本靠狗的年代呢？所以雖然肖天健這些年來積攢了點私房錢，可是也有點架不住這樣折騰。
而肖天健當初也低估了維護運河沿線的難度，所以前期有點準備不足，以至於四月間運河上的漕船時常遭到潰兵抑或是大股匪盜的洗劫，除了損失不少物資之外，還影響到了一些船民，使得不少船民不敢再駕船北上替大中軍運送物資。
後來肖天健不得不在路上拖延了一些時日，從各地抽調了一批兵馬，沿途加強對運河兩岸的防禦，另外邊走邊打，還改編了不少明軍降兵，令其分塊分區清剿轄區內的潰兵流匪，這才使得運河上的行船安全開始得到了保障，減少了被襲擊的次數，另外他還調派水師部分兵將，隨船隊一起行動，護送船隊北上，每支船隊裡面安排一些武裝人員押運，另外每條船隊裡面編入一兩條裝載了不少輕型火炮的戰船，護送船隊，這才遏制住了一些湖匪水盜猖獗的劫掠大中軍的物資船隊。
可是換來的則是運輸成本的劇烈增加，改編的這些降兵，無疑也要消耗相當多的糧食，既然他們已經搖身變成了大中軍的一員，肖天健自然是不會再讓他們自己解決吃飯問題了，所以從南方運送上來的糧食物資，其中很大一部分都被這些新編的兵馬給消耗掉了。
所以對於肖天健的大中朝來說，剛剛立國，便立即發動一次這樣大規模的戰事，對於他們君臣來說，壓力之大無疑是顯而易見的。
另外肖天健集結兵力北上，無疑也造成了後方的空虛，一些明朝的地方官員和軍將，也在肖天健揮師北上之後，開始在南方蠢蠢欲動，試圖利用這個天賜之機，重新奪回一些地盤，在四月中旬，肖天健得到留鎮南京的石冉的報告，說逃到贛州的方國安，在贛州集結起來了近四萬明軍，號稱十萬大軍，又開始北上，試圖恢復江西失地，兵鋒指向了時下已經被大中朝控制的南昌府，石冉已經調集南部留守兵力，南下撫州府一帶，去對付方國安這路人馬了。
肖天健得知之後，下旨令兵部發令，令留鎮湖廣的羅汝才也調集湖廣境內第三鎮留守兵將，進擊江西吉安府，從側面牽制方國安所部，爲石冉分擔一下方國安所部此次北上的壓力，總之北方此刻正是關鍵時刻，南方作爲大後方，這個時候不能出什麼大問題。
這也是肖天健這段時間沒有能快速進兵到山海關的主要原因，太多事情牽扯到要讓肖天健分心，使得他不得不一邊領兵作戰，還要分心關注着後方的大事。
除了方國安率兵北上試圖恢復明朝的地盤之外，李自成那邊也不消停，肖天健處理李自成稱帝之事，不太明智，導致了李自成徹底和他們大中朝反目成仇，先是試圖進攻河南，但是卻在潼關被範勝所敗，吃了大虧，接着高傑投降大中朝，更是讓李自成憤怒不已。
雖說李自成失去理智，但是最終還是被他手下羣臣勸服，考慮到他的實力和肖天健的實力相差太遠，而大中軍又太過兇悍，以他的實力，真的跟大中軍徹底撕破臉，別看現在大中軍主力北上，但是留守的那些兵將也不是吃素的，僅僅是潼關的那個範勝所領的幾千大中軍人馬，就足夠他喝一壺了。
所以李自成在潼關慘敗之後，暫時縮回了西安，掉頭開始朝西活動，率領麾下兵將也效仿肖天健來了個所謂的御駕親征，四月之後，利用陝西羣龍無首以及官軍主力盡數崩潰的時機，一路上順利的攻下了平涼府、鞏昌府等地，將陝西西部的大塊區域給控制到了他的手中，於是李自成便又有點飄飄然了起來。
在五月之後，他又想起肖天健對他的侮辱，居然派出了手下留守漢中的大將高一功，想要趁着大中軍已經北上的機會，還是想從大中軍身上撈一把，這一次他沒有敢再選潼關對大中朝的地盤下手，而是把目光放在了鄖陽方向，派人打聽說大中軍在鄖陽一帶兵力不多，於是便想令高一功率兵突襲鄖陽，自鄖陽一帶進入湖廣，打通通道，使得他可以揮師進入湖廣，奪佔這塊中國時下的魚米之鄉。
高一功奉命領了兩三萬大順軍出發，氣勢洶洶的便撲向了鄖陽府，打算將鄖陽府一鼓而破，便揮師襄陽城下。
可惜的是他李自成想到的，大中軍這邊的人也都想到了，更何況鄖陽作爲湖廣和四川、陝西的咽喉之地，又豈能不重視呢？所以別看鄖陽因爲人口少，留鎮的大中軍兵力不多，這段時間尚在逐步的朝着鄖陽府一帶移民填充，但是這裡作爲重要的戰略要地，當然不會讓無名之輩來負責鎮守。
負責鎮守襄陽府和鄖陽府的不是旁人，正是肖天健麾下的大將趙衛華也就是之前的那個趙二驢。
趙二驢因爲和李栓柱素有間隙，在肖天健拿下湖廣之後，逐步的便將趙二驢和李栓柱調配開，雖然趙二驢還是李栓柱的副手，但是卻不怎麼再在李栓柱手下做事了，而是受肖天健所託，以第三鎮副總都統的身份，常駐襄陽，負責鎮守襄陽、鄖陽等地，肖天健給趙二驢的一個重要的任務，便是在這裡盯住被他放養在陝西的李自成，防止李自成有朝一日跟他們反目之後，自鄖陽入湖廣。
所以在很早的時候，肖天健便已經卡死了潼關和鄖陽這兩個和陝西連通的重要的關口，早在北面有陝州，南面有鄖陽，都留守有相當的兵力，始終防備着李自成這支惡狼。
現如今李自成也終於和肖天健反目，成了勢不兩立的對手，肖天健北上，又豈能不先安排好對付這隻餓狼的事情呢？
於是高一功很不幸，等他領兵進抵鄖陽的時候，趙二驢也早已得知消息，提調了襄陽、承天府的兵馬，包括地方預備營在內的一萬餘兵將，趕在高一功進抵鄖陽府城下的時候，趙二驢的兵馬也已經到了武當山埋伏了起來。
雖然趙二驢手中僅有四個戰兵營的兵力，但是他卻控制了六個預備營，和半個重炮營（兩個連的兵力），按照趙二驢的部署，鄖陽府城中留守了一個戰兵營兩個預備營的兵力，死守鄖陽府城，先是吸引了高一功以重兵攻打鄖陽府城，而他則率領主力，在武當山一帶陳駐，遠遠的看着高一功率部攻打鄖陽府城。
高一功領兵猛攻鄖陽城三天不克，士氣也就自然而然的衰落了下去，趙二驢趁着這個時候，才突然率領主力殺出了武當山，直撲高一功所部的後背，高一功這才知道上當了，被趙二驢領兵一股擊破，打的高一功是落荒而逃，領殘兵敗將逃回了漢中。
可是等高一功逃回漢中的時候，才發現漢中他們的老巢也被一路大中軍的人馬抄了，原來入川之後的李栓柱先是拿下了重慶府和成都府兩地之後，這段時間逐步的掃蕩了四川北部的保寧府，現在李自成跟他們大中朝反目成仇了，李栓柱豈能還跟他客氣，這邊高一功率兵一出漢中府，他便獲得了消息，派出了三千精銳人馬，日夜兼程出了保寧府趁着漢中大順軍兵力空虛，殺入到了漢中府境內，在漢中府大肆搞了一通破壞，連毀李自成在漢中的兩場糧倉，還放火燒燬了李自成的不少後勤物資，幾乎把李自成這兩年來在漢中一帶經營起來的老本給抄了個底掉。
等高一功帶着殘兵敗將逃回漢中府的時候，這三千大中軍的兵將也已經搞足了破壞，裹挾了大量的物資細軟，撤回到了保寧府。
高一功聞聽之後氣的是火冒三丈，領殘兵敗將又追入到了保寧府，結果在保寧府境內，被他所追擊的大中軍利用地形優勢，又給使勁的陰了一把，用埋設的地雷，炸翻了不少大順軍兵將，連高一功手下的一個重要的將官都被當場炸死，高一功慌忙後撤，結果又被大中軍攆着屁股好一通追殺，等高一功跑回漢中的時候，幾乎都快成了光桿司令。
高一功見勢不好，覺得漢中恐怕是守不住了，正打算收拾一下家當，朝西安府跑，但是這個時候大中軍卻主動後撤，收縮了兵力，並沒有趁勢攻下漢中府。
其實這個時候肖天健已經意識到了他對於李自成的事情處置有所不當，眼下北方建奴的事情還沒有解決，他便自大的去惹怒了李自成，雖然他有信心收拾李自成，但是他要同時跟明朝、建奴、李自成三股勢力爲敵，顯然是有點力不從心，於是他在北上的途中，便開始檢討他這段時間決斷中的失誤，決定暫時不跟李自成大打出手爲好。
於是他便着令兵部發令，暫時各地守將對於李自成採取守勢，不主動跟李自成爭搶地盤，要是李自成的人主動挑釁的話，便狠狠的將他們打回去，但是暫時僅限於擊退他們，不許各地主將主動去搶李自成的地盤，以免逼得李自成狗急跳牆，這個時候集中所有的大順軍，和大中軍決戰，畢竟李自成手下好歹也有十來萬兵馬，雖然這十來萬人馬在大中軍眼中多是烏合之衆，但是如果李自成現在豁出去拼老命的話，收拾他還是要牽扯到不少的大中朝的兵力和精力，眼下肖天健並不願出現這樣的情況。
於是這纔有李栓柱和趙二驢兩敗高一功，但是卻並沒有趁機攻佔漢中的原因，使得高一功提心吊膽的在漢中府一帶觀望了幾天，得知了大中軍已經退去的消息，這纔打消了高一功逃往西安府的念頭。
高一功一場大敗下來，讓李自成徹底看清楚，他根本不是肖天健的對手，雖然肖天健現在正忙於北上將大明掀翻，並且抵禦建奴入關，但是留下的實力，也不是他李自成可以撼動的，非但如此，這些留守的大中軍，甚至有能力將他的老巢給抄了，所以李自成得知高一功兵敗的消息之後，也冷靜了下來，和宋獻策等謀臣商議之後，宋獻策等人也認爲，眼下他們最重要的是擴大地盤，而不是去跟大中軍爭個勝負，在他們看來，中國很大，雖然大中軍佔領了河南、山西、四川、湖廣等地，但是西面卻還遼闊得很，他們大可不必跟大中軍爭，先趕緊朝西去搶地盤，今後一旦大中軍要跟他們算總賬，西安府一帶肯定是保不住的，所以他們提前要爭取佔據更西一些的地盤，實在不行，就跑的遠一點！
於是李自成在高一功鄖陽兵敗之後，暫時也徹底打消了繼續趁大中軍北上從肖天健手中撈便宜的想法。
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