哥斯拉出現的消息，很快就傳到了軍方和芹澤教授的耳朵里。
軍方馬上出動了戰斗機，前往哥斯拉的位置跟蹤調查。
戰斗機在衛星地圖上標注了哥斯拉的行動軌跡，經過線路對比后，芹澤教授發現，哥斯拉前進的方向，就是穆托所在的方向。
而且在哥斯拉和穆托二者的中間，是霓虹省內最大的核電站。
發現了這點后，芹澤教授大膽推測，穆托的目標并不是京都東市，而是這座核電站。
而哥斯拉則是沖著穆托來的。
芹澤教授這些年來也一直在研究穆托的蛹，但他研究的方向是放射性元素對穆托的影響。
他知道穆托很喜歡放射性元素，并且對于高能輻射有著很強烈的反應。
而在剛才穆托吞食核廢料的行為來看，它的能量來源就是核輻射。
所以，它的目標應該就是核電站，那里存放著大量的放射性元素，對于穆托而言，無疑是一頓美味的大餐。
至于哥斯拉，它的目標顯然是穆托本身。
穆托的蛹是在群島省的那座地窟中發現的，一同被發現的還有一副哥斯拉的骨架化石。
被發現時，穆托蛹是附著在哥斯拉的骨架上的，所以他才由此推斷出穆托和哥斯拉宿敵的關系。
從張龍處得知了渡邊雄暗中向海中排放穆托卵液的情況后，芹澤教授斷定，哥斯拉的出現，是為了殺死處于幼年的穆托。
芹澤教授找到軍方領導，借用軍用三維地形投影儀器，調出了核電站周邊的三維地圖。
他發現，核電站的四周環山，恰好位于山谷盆地中。
他當即向軍方領導建議，提前在核電站內和四周山頂設置微型核彈，等哥斯拉和穆托在核電站碰面后，引爆微型核彈，用山石將哥斯拉和穆托掩埋，爭取出足夠的時間，來讓他開發用于針對哥斯拉和穆托的凝血劑。
但軍方領導卻表示時間已經不夠了，只能用中大型核彈一舉消滅哥斯拉和穆托。
軍方領導的估算沒錯，半個小時不到的時間里，穆托就已經抵達了核電站。
核電站中的工作人員關停了核反應堆，撤離了核電站，然后眼睜睜的看著穆托從天而降，摧毀了核電機組，把里面的燃料棒掏了出來，像嗑瓜子似的大口吞吃著。
隨著燃料棒進肚，它的腹部和軀干部位也發出了褐黃色的光芒，身軀在迅速生長。
軍隊已經趕到，并且集結在了核電站二十公里外的地方，遠程監測著。
調遣的核彈還沒有運來，哥斯拉也還沒有趕到，軍方領導決定暫時遠程觀測，靜觀其變。
就在此時，雷達監測到了飛行物的數據，但卻不是從內陸飛來的，而是從海洋的方向。
飛行物的速度很快，沒一會兒，就能看到它的輪廓了。
那赫然是一只和穆托一模一樣，但體型卻大了好幾倍的大號穆托！
芹澤教授想起了當時發現穆托時，一同發現的破損蛹殼。
原來當初那個蛹并不是破損了，而是孵化了么？
兩頭穆托碰面，開始親昵互動起來，一起吞吃了核燃料，然后開始了交配。
芹澤教授這才發現，原來小穆托是雄性，而大穆托則是雌性。
看著兩頭穆托的現場直播，芹澤教授很是焦急。
如果任由穆托繁衍，將會是全人類的災難！
但軍方領導卻并不著急，反正已經決定要用核彈炸了，一頭也是炸，兩頭也是炸，沒什么區別。
就在這時，哥斯拉趕到了！
仇人相見，分外眼紅。
被打擾了好事，兩頭穆托一擁而上，就對哥斯拉發起了進攻。
三頭巨獸開啟了一番混戰，整個核電站已經被夷為平地。
雖然是二打一，可哥斯拉卻并沒有落下風，反而直接擊殺了雄穆托，將它的腦袋咬了下來。
雌穆托見狀，悲鳴一聲，就飛了起來，逃向了東南方天際。
軍方領導見它要逃跑，也顧不上等核彈了，立即下達了攻擊指示。
一個戰斗機群組追趕了上去，發射了導彈轟擊雌穆托。
但導彈對雌穆托并沒有造成多大的傷害，而雌穆托的電磁脈沖則直接讓戰斗機失去了控制，從空中落下，紛紛墜毀，只有戰斗機駕駛員跳傘存活了下來。
雌穆托逃脫，哥斯拉憤怒的沖著天空吼叫了聲，將其余幾個發電機組的燃料棒全部吞吃，然后向著雌穆托逃離的方向追了過去。
軍方領導再次拍出了兩個戰斗機群組，分別跟蹤穆托和哥斯拉的位置，提供詳細數據。
但在看到地圖上雌穆托的飛行，軍方領導卻發現，它飛行的方向，正好是運送核彈的運輸機飛來的方向。
軍方領導猜到到了它的意圖，馬上向運輸機發出警告。
但警告已經晚了，運輸機已經進入了雌穆托的視野。
雌穆托擊落了運輸機，并且把其中的核彈取了出來，咬著核彈，向著京都東市的方向飛了過去，并且降落在了市區里。
因為穆托的電磁脈沖可以干擾核彈的引爆裝置，運來的核彈被改造成了傳統倒數器控制，而核彈設置的最遲引爆時間是三十分鐘后，也就是說，三十分鐘過后，核彈就會自行爆炸了。
城市中的市民并沒能完全撤離，還有很多市民滯留在市區里。
如果核彈爆炸，將會有大量民眾喪生。
時間已經來到了夜晚，因為核電站被摧毀，城市內一片黑暗。
為了阻止核彈爆炸，軍隊領導派遣了特種戰術小隊，通過空投進入城市，希望能將核彈拆解。
但在黑暗中，特種小隊無法確定雌穆托的位置。
這個時候，張龍出現了。
他是驅車趕回京都東市的，他親眼看到了雌穆托藏身的位置。
原來，雌穆托降落在了城市中心的體育場里，并且開始產了卵，核彈則被放在卵的中央。
因為張龍展現出的戰術素養和掌握的信息，戰術小隊領導邀請張龍加入小隊，并將指揮的位置讓給了他。
張龍帶領著戰術小隊潛入了體育場，找到了那頭雌穆托。
雌穆托已經產完了卵，正在休憩，而核彈就在穆托卵的上方。
但在雌穆托的眼皮子底下，怎樣拿到核彈卻成了個難題。
就在張龍決定挺身而出，吸引穆托注意力的時候，哥斯拉出現了！
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